È costituita da oltre 300 postazioni dislocate su aree territorio italiano indicative di diverse tipologie di ambiente. Molte stazioni sono collocate in aree soggette a misure agro-ambientali previste dai Programmi di sviluppo rurale regionali (PSR) per valutarne l’efficacia nel lungo periodo. Le stazioni BeeNet sono costituite da colonie di api in cui è possibile rilevare una grande quantità di dati, anche con sensori e rilevatori (arnie tecnologiche) che permettono la misurazione e la trasmissione di dati in maniera automatica, riducendo così il ricorso a controlli manuali, producendo in tempo reale le informazioni su salute e attività delle api e sulle condizioni meteorologiche del suo intorno.

BeeNet ha individuato 24 postazioni in in 11 Regioni italiane. Si tratta di aree a confronto: una agricola intensamente coltivata (in arancione nella mappa), l'altra agricola semi-naturale (in verde nella mappa). In queste aree, seguendo un protocollo standardizzato, avviene il monitoraggio degli apoidei selvatici e delle piante da fiore di interesse apistico (flora mellifera), i cui dati servono a fare un confronto e capire come l’agricoltura e le diverse pratiche agricole impattano sulla biodiversità di un territorio.